ウサギにもできるXOOPS CUBE入門にも記載がありますが、XOOPS CUBEには「テーマのタタリ」なる現象が存在します。

管理者でログインしてテーマを変更しても実際には変更されないという現象です。
これはuid=1のユーザがテーマを変更しても変更されないという仕様らしいのですが
「ウサギ～～～」によると

Quote:左側メニューの　互換モジュール　にある　テーマの管理　リンクをクリックすると今アップロードされ
ているテーマの一覧が出ます。ここで今出てしまっている　Default theme of Cube　という行のところ
にあるチェックボックスをクリックしてチェックを外した状態にして、送信ボタンを押します。
という対処方法が記述されています。

ただし、これは一部御幣があるようで、実際にはDefault theme of Cubeではなく
「今、現在Activeになっているテーマのチェックをはずす」
が正しいようです。