結論：なんとか復旧しました。
NTLDR Is missingについては今回の作業中、M/BのSATAの差し替えを行ったのですが、その際にBIOSに登録されているHDDの起動順序が崩れたために起こったようです。
BIOSでCドライブのあるHDDを優先起動してやったらエラーはなくなりました。
ただし、CPU使用率がちょっとのことで急上昇するようになったので、CPUそのものが寿命に近づいているのか…はたまた冷却系のトラブルか…
できればCPUをPhenomIIの4コアのに乗せ換えたいところですけど。
